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The process of mRNA vaccine manufacturing relies on proper DNA digestion following an in-vitro transcription reaction to remove residual contaminating DNA from the plasmid backbone from the process. To assess the quality and quantity of potential DNA impurities in mRNA vaccines, we analyzed unopened, cold-chain compliant vaccine lots for residual DNA contamination using quantitative PCR (qPCR), RNase A/Qβubit fluorometry, and Oxford Nanopore sequencing from two Pfizer and three Moderna vials. We compared spike-protein amplicons and plasmid-vector amplicons to distinguish between DNA contaminant as double stranded DNA (dsDNA) versus RNA:DNA hybrids, qPCR assays revealed more than a 100-fold discrepancy in quantitation between dsDNA with RNA:DNA hybrids consistent with uneven DNase I digestion efficiency during mRNA vaccine manufacturing. Indeed, treatment of vaccines with DNase I-XT resulted in 100-1000X higher degradation of spike DNA, particularly in plasmid regions that form RNA:DNA hybrids. Together these results indicate that residual DNA testing which relies on a single qPCR for dsDNA fails to accurately quantify impurities, and that treating vaccine preparations with DNase I-XT during the manufacturing process may improve the quality by reducing contamination due to RNA:DNA hybrids.

Der Prozess der Herstellung von modRNA-“Impfstoffen” basiert auf einer ordnungsgemäßen DNA-Verdauung nach einer In-vitro-Transkriptionsreaktion, um verbleibende kontaminierende DNA aus dem Plasmid-Backbone aus dem Prozess zu entfernen. Um die Qualität und Quantität potenzieller DNA-Verunreinigungen in modRNA-“Impfstoffen” zu bewerten, haben wir ungeöffnete, kühlkettenkonforme Impfstoffchargen mit quantitativer PCR (qPCR), RNase A/Qβubit-Fluorometrie und Oxford Nanopore-Sequenzierung aus zwei Pfizer- und drei Moderna-Fläschchen auf verbleibende DNA-Kontaminationen untersucht. Wir verglichen Spike-Protein-Amplikons und Plasmid-Vektor-Amplikons, um zwischen DNA-Verunreinigungen als doppelsträngige DNA (dsDNA) und RNA:DNA-Hybriden zu unterscheiden. qPCR-Assays ergaben eine mehr als 100-fache Diskrepanz in der Quantifizierung zwischen dsDNA und RNA:DNA-Hybriden, was mit einer ungleichmäßigen DNase I-Verdauungseffizienz während der Herstellung von modRNA-“Impfstoffen” übereinstimmt. Tatsächlich führte die Behandlung der “Impfstoffe” mit DNase I-XT zu einer 100- bis 1000-fach höheren Degradation der Spike-DNA, insbesondere in Plasmidregionen, die RNA:DNA-Hybride bilden. Zusammengenommen deuten diese Ergebnisse darauf hin, dass Rest-DNA-Tests, die sich auf eine einzige qPCR für dsDNA stützen, Verunreinigungen nicht genau quantifizieren können und dass die Behandlung von Impfstoffpräparaten mit DNase I-XT während des Herstellungsprozesses die Qualität verbessern kann, indem sie die Kontamination durch RNA:DNA-Hybride reduziert.

Das Paper gibt's hier. (Sicherungskopie)

Siehe dazu auch diesen Artikel. Tenor: das Problem mit den DNA-Verunreinigungen war den Herstellern bekannt, und sie haben alles dafür getan, dass das nicht auffliegt.

Siehe dazu auch diese deutsche Übersetzung.